闫立峰

个人简介

闫立峰，河套数学与交叉学科研究院（深圳）助理教授。分别于2021年和2026年在山东大学软件工程专业获得学士学位和博士学位。博士阶段师从刘卫国教授，主要从事高性能计算软件设计与应用研究，研究方向涵盖生物信息学大数据处理与国产超算平台并行软件优化。一方面，围绕高通量测序数据分析中的 FASTQ 质量控制、短读长序列比对、BAM 文件处理和变异检测等性能瓶颈，设计并实现了多款高性能生物信息学软件；另一方面，面向新 Sunway 异构众核架构，开展测序数据分析软件、地球系统模式和海洋数值模式的移植与优化。相关研究成果发表于 Genome Biology、TCBB、FGCS、Euro-Par、Bioinformatics、BIBM 等期刊和会议，并担任 TPDS 等期刊审稿人。

研究兴趣

· 高性能计算与并行软件优化

· 生物信息学大数据处理

· GPU 与异构并行计算

· 国产超算平台科学计算软件优化

教育经历

· 博士 / 2021.09–2026.06 山东大学 软件工程

· 学士 / 2017.09–2021.06 山东大学 软件工程

荣誉奖项

· PAC 全国并行应用挑战赛 冠军，2020、2021、2022

· CPC 国产 CPU 并行应用挑战赛 冠军，2022

· ASC 世界大学生超算竞赛 一等奖，2021

· ICPC 国际大学生程序设计竞赛 银牌，2019、2020

出版物

1. Yan L, Zhao Z, Yin Z, et al. RabbitBAM: Accelerating BAM File      Manipulation on Multi-Core Platforms. IEEE Transactions on Computational      Biology and Bioinformatics, 2025.

2. Yan L, Yin Z, Zhang T, et al. SWQC: Efficient sequencing data      quality control on the next-generation Sunway platform. Future Generation      Computer Systems, 2025.

3. Yan L, Yin Z, Zhang T, et al. SWBWA: A Highly Efficient NGS      Aligner on the New Sunway Architecture. European Conference on Parallel      Processing, 2025.

4. Yan L, Yin Z, Li J, et al. RabbitSAlign: Accelerating      Short-Read Alignment for CPU-GPU Heterogeneous Platforms. International      Symposium on Bioinformatics Research and Applications, 2024.

5. Yan L, Yin Z, Zhang H, et al. RabbitQCPlus 2.0: More efficient      and versatile quality control for sequencing data. Methods, 2023.

6. Xu X, Yin Z, Yan L, et al. RabbitTClust: enabling fast      clustering analysis of millions of bacteria genomes with MinHash sketches.      Genome Biology, 2023.

7. Yan L, Yin Z, Zhang H, et al. RabbitQCPlus: More Efficient      Quality Control for Sequencing Data. IEEE International Conference on      Bioinformatics and Biomedicine, 2022.